Министерства как были, так и остались. Термином Федеральных органов исполнительной власти охватывают министерства, федеральные службы и федеральные агентства.
   Термин "Ведомство" остается как термин собирательный. Скажем Министерства путей сообщения не существует, но можно всегда объединить многие предприятия и организации ж/д транспорта в понятие "ведомство железнодорожного транспорта".
   Ведомство - от слова "ведает", то есть исполняет свои функции в одной отрасли.

   Так что шпильку можно забирать обратно.