Леонид Николаевич, является ли военным судно, если:
1. Судно приписано к воинской части.
2. Судно вооружено.
3. Судно обслуживается командой, составляющей подразделение воинской части и состоящей из вооруженных военнослужащих.
4. Члены команды подчиняются воинским уставам и дисциплине.
5. Судном командует офицер.
Это я к тому, что суда ведомства Путей сообщения в период с 1830 и по крайней мере по 1857г. соответствовали вышеперечисленным пунктам. Следовательно, они были военными.
На военный характер судов Путей сообщения указывает наличие гюйса судов Путей сообщения. Насколько мне известно, гюйс гражданским судам в то время в России не полагался. То, что был отменен гюйс на гардкоутах, по моему мнению означает только то, что был понижен ранг этих судов, хотя этими судами могли командовать офицеры в чине штабс-капитана и даже капитаны.
Хотя Министерство Путей сообщения являлось гражданским , но в его составе имелись воинские части, например, Военно-рабочие батальоны.
Как аналог, могу указать на сугубо гражданское Министерство финансов, которому подчинялись военные пограничные суда.

А вот здесь я ничего утверждать не стану. Я хотел сказать только то, что эти флаги поднимались на судах невоенных.
Но вот вопрос о вымпеле судов Путей сообщения остаётся открытым. Он остался прежним, с синим андреевским крестом, или всё-таки с зелёным.