В сентябре 1937 года часть реорганизована в 13-й Алма­-Атинский мотострелковый полк.
Осенью 1939 года часть по решению правительства была переведена в г. Ленинград для усиления советско-финской границы. В помощь пограничникам Северо­Западного округа был послан на Карельский перешеек 1-й батальон полка под командованием старшего лейтенанта Смирнова. 26 ноября 1939 года начался обстрел со стороны Финляндии, а 30 ноября был получен приказ вести ответный огонь.
Части была поручена задача по охране важнейших коммуникаций и финского народного правительства в городе Териоки. После прорыва линии Маннергейма батальон Власова и рота первого батальона под командованием Закулевского были срочно переброшены в Выборг для охраны коммуникаций.
По окончании боевых действий первый батальон возвратился в Ленинград. На часть была возложена задача по охране правительственных учреждений г. Ленинграда. С 1939 года часть взяла под охрану Смольный.

Достойный вклад в героическую борьбу советского народа с немецко­фашистскими захватчиками внесли воины полка. В июне 1941 года на базе полка была сформирована 21-я мотострелковая дивизия войск НКВД, в подчинение которой вошел полк. В ноябре 1941 года полк вышел из состава дивизии и был подчинен вновь сформированному Управлению НКВД города Ленинграда.

Суровые испытания выпали на долю части, на долю ленинградцев. Выполняя важную и почетную задачу, войска НКВД были на страже порядка и дисциплины в городе. Выполнялись задачи по борьбе с нарушителями фронтового режима, мародерами, дезертирами. Полк охранял не только важнейшие объекты фронта, но и нес заградительную службу. В 1941 году на часть возложена задача по охране здания правительства и штаба фронта – Смольного дворца. Подразделение под командованием Швеца и Корнукова, неся службу на важнейших коммуникациях, провело 227 задержаний. На дальних подступах к Ленинграду бойцы-­чекисты грудью отстаивали каждую пядь родной земли. В их рядах были десятки бойцов и командиров нашей части. Суровая битва с врагом требовала от воинов не только большого мужества, но и знания военного дела, огромной выносливости и закалки, несгибаемой воли и терпимости перед лицом многочисленных тягот и лишений. Неувядаемой славой отмечены боевые дела артиллеристов части в дни боев осенью 1941 года.

В декабре 1941 года в полку была сформирована автоколонна в составе 30 машин для перевозки груза с восточного берега Ладожского озера по ледяной трассе для Ленинграда и фронта. История Ладожской дороги, которую прокладывали и на которой работали многие бойцы и командиры части, – это поэма о мужестве, настойчивости и стойкости. При сорокаградусных морозах, в пургу и бураны, днем и ночью не прекращалось движение транспорта по льду Ладожского озера.

В огне боев закалялись бойцы и командиры. Изведав горечь неудач и радость побед, преодолев трудности, вызванные блокадой города, они по праву гордились своей частью, её растущей славой. Для них слова «Честь моего полка – моя честь» стали девизом. Всего орденами и медалями к концу 1947 были награждены 2613 человек.

В 1947 году полк в полном составе участвовал в проведении операции «Запад» на территории Западной Украины по борьбе с ОУНовским подпольем.

В августе 1951 года полк был реформирован в 1-й отряд внутренней охраны МГБ СССР и стал заниматься охраной объектов областного и городского комитетов КПСС /Смольный/, выполнением задач по охране общественного порядка в городе Ленинграде.

В декабре 1955 года отряд переформирован в 48-й отдельный мотострелковый дивизион внутренней охраны МВД.

С июля 1966 года дивизион стал именоваться 48-й отдельный дивизион 13-го отдела внутренней и конвойной охраны МООП СССР.

В августе 1968 года дивизион переформирован в 142-й отряд внутренней конвойной охраны МООП СССР.

В ноябре 1968 года отряд переименован в 339-й мотострелковый полк МВД СССР.

В январе 1979 года полк переформирован в 628-й отдельный мотострелковый батальон МВД СССР.

В 1980 году часть выполняла ответственную государственную задачу по охране общественного порядка при проведении в СССР XXII Олимпийских игр. В этот период военнослужащие части несли службу только на «отлично», проявляя при этом высокую бдительность и находчивость.

Подтверждая приверженность традициям части, офицеры, прапорщики, сержанты и солдаты и сержанты самоотверженно выполняют свой воинский долг. Личный состав части принимал активное участие в обеспечении охраны общественного порядка в Ленинакане, Ереване, Баку, Фергане, Нахичевани, Южной и Северной Осетии, Республики Чечня.

В составе воинского оперативного резерва МВД СССР в январе 1989 года личный состав части принимал участие в ликвидации последствий землетрясения и охраны общественного порядка в г. Ленинакане.

С января по июнь 1989 года часть выполняла задачи в составе войскового оперативного резерва МВД СССР в г. Ереван Армянской ССР.

С июня по август 1989 года – в Фергане Узбекской ССР.

С сентября по ноябрь 1989 года – в г. Баку Азербайджанской ССР.

18 января 1990 года на основе 628-го отдельного мотострелкового батальона сформирован 49-полк оперативного назначения ВВ МВД СССР.

На вооружение полка поступила новая современная техника. На смену устаревших и изношенных БРДМ, БТР-60 поступили БТР-80, на смену автомобилей ЗИЛ-131 поступили автомобили УРАЛ-375 и КамАЗы. Новыми видами стрелкового вооружения обеспечена рота специального назначения. На вооружение АЗДН поступили зенитные установки ЗУ-23-2.