А я не про СВР спрашивал, а про ФСБ и ФСО:

Простите, а что Вас здесь смущает?
Кокарды на головные уборы ВС РФ были утверждены в 1994 году, а приказ с их описанием появился только в 1998 году.
Получается по-вашему с 1994 по 1998 можно было какие угодно кокарды цеплять? Хоть таможни, хоть советской милиции?
Также и со знаком классности утвердили в 1993 приказ с описанием появился только в 2006.

Вероятно (!) СВР. Однозначно - МЧС и ФСИН. То, что в МЧС носили эмблемы Минобороны, а во ФСИН носили эмблемы МВД - самодеятельность.

Плюс в то время были разного рода мелкие военные ведомства - Спецстрой, ФУ БХУХО и им подобные. Они - тоже не имели права носить эмблему Минобороны.

Этот переходный период был с 1992 до 1994 до появления 255 Приказа МО РФ. Тогда же кстати и носили унифицированный китель (парадно\повседневный) для рядового состава, а вот с 1994 в приказе о нем не слова. Поэтому и носили официально советские кокарды- других не было. И да не забывайте про директиву МО РФ Д-24 1993 когда вводилась новая форма, тоже с советскими кокардами.
То что позже носили и унифицированный китель и советские кокарды до конца 90х виноват не приказ, а экономическая обстановка.

Именно

Эти знаки были разработаны еще в 1989-90 году к проектной форме ВС СССР, с небольшими изменениями.

Не соглашусь. Российские были в военторгах легко доступны. Но очень многие военные упорно носили советские. В ВДВ на беретах прямо поголовно.
Можно вспомнить ещё морскую пехоту. Офицеры и прапорщики очень долго носили советский "краб". А матросы и сержанты свой "огурец", который был отменён ещё в 1988 году (заменён на общевойсковую звезду в венке).